Last Order dimulai saat nanoteknologi Desty Nova menghidupkan kembali Alita di kota terapung Tiphares. Rahasia hitam kota itu terungkap dengan kejam, tetapi tampaknya itu adalah bagian kecil dari dunia yang rumit. Pergi ke luar angkasa bersama perusahaan lama dan baru untuk mempelajari lebih lanjut tentang masa lalunya yang terlupakan dan juga, untuk mencari sahabatnya yang hilang Lou Collins, Alita terjebak dalam pertempuran antarplanet antara kekuatan utama tata surya yang dijajah. Dalam perjalanan, dia membentuk aliansi dengan tiga Replika Alita yang sekarang mulai percaya pada diri mereka sendiri, seorang superhacker yang tidak baik, dan Nova sendiri ketika dia memasuki Turnamen Zenith of Things (ZOTT), sebuah kontes pertarungan yang diadakan setiap 10 tahun. Termasuk bagaimana Bumi muncul dari dampak bencana musim dingin yang memusnahkan sebagian besar publik sepanjang narasi, lebih banyak sejarah tentang latar Battle Angel Alita yang belum diungkapkan dalam string sebelumnya ditampilkan.
