Setelah insiden pembajakan laut di Tuatha de Danaan, semuanya kembali normal di Jindai High School di Tokyo, atau normal seperti yang terjadi saat Sousuke menjaga Kaname. Setelah mengetahui siapa yang mengkhianati Mithril dan menyebabkan insiden pembajakan laut, Kurz dan Mao dikirim ke misi rahasia untuk menangkap dan membawa pengkhianat itu kembali.
Namun, kehidupan Sousuke dan Kaname akan berubah saat mereka bertemu Leonard Testarossa, seorang anggota peringkat tinggi dari grup misterius bernama Amalgam. Setelah pertemuan mereka, Leonard memperingatkannya bahwa dia akan melakukan apa saja untuk merekrutnya bahkan jika itu berarti perang di jalanan Tokyo.
