Kotak Medaka

Alur cerita mengikuti Medaka Kurokami, siswa tahun pertama Akademi Hakoniwa yang magnetis dan menarik yang memilih Presiden Dewan Mahasiswa dengan 98% suara. Dia menangani petisi ini dengan caranya yang tidak tepat, dan dengan semua bantuan dengan teman masa kecilnya Zenkichi Hitoyoshi, membuat kotak saran. Dalam rentang waktu penuturan, posisi kepemimpinan OSIS dibagikan olehnya kepada siswa lain seperti Mogana Kikaijima dan Kouki Akune.

Dewan Mahasiswa mengetahui bahwa ketua akademi bermaksud memulai pekerjaan untuk melakukan eksperimen yang kuat pada murid rutin, Rencana Flask, yang disebut Normals, sehingga Anda dapat mengubahnya menjadi Abnormal, yaitu orang-orang dengan kekuatan super. Dewan Siswa bentrok dengan siswa lain yang terlibat dalam penggunaan pekerjaan dan menyusup ke laboratorium rahasia sekolah.

Segera setelah itu, Misogi Kumagawa yang ingin mengganti OSIS dengan salah satu Medaka miliknya menantang kejuaraan OSIS. Dari kekuatannya, dua murid dibuka setelah kekalahan Kumagawa dan menyelesaikan transportasi mereka ke Akademi Hakoniwa. 2 cenderung lebih kuat dari Abnormal dan dijuluki "Tidak Sama". Pemimpin mereka, Anshin'in, mengancam untuk memulai kembali Rencana Flask setelah Medaka lulus, mendorong penerus mereka untuk dilatih oleh Dewan Mahasiswa. Namun demikian, strategi akurat Anshin'in adalah memiliki kedudukan sebagai Ketua OSIS Zenkichi merebut Medaka. Zenkichi berhasil dan melakukannya dengan dalih meningkatkan kehidupan siswa. Dia meyakinkan Medaka untuk mengizinkan Rencana Flask untuk orang-orang yang tidak mau.

Mengambil alih dari tanggung jawabnya sebagai ketua OSIS, Medaka segera terlibat dalam kejuaraan untuk menentukan suaminya. Medaka menjadi pemenang, memilih untuk menikahi Zenkichi setelah mereka berdua lulus dan menjadi dirinya sendiri. Tak lama kemudian, teman dekat Hansode Shiranui dari Zenkichi meninggalkan sekolah. Zenkichi dan medaka merasa dia akan menjadi pembawa acara lain untuk Iihiko Shishime, makhluk berusia 5000 tahun. Dia dikalahkan oleh medaka dan lenyap setelah berhenti dari bulan menabrak bumi, hanya untuk muncul kembali pada waktunya untuk layanan akhir tahun. Setelah dia kembali, mengambil posisi ayahnya di depan konglomerat perusahaan keluarganya, Grup Kurokami, hanya untuk kemudian kembali sebagai ketua baru dan Medaka memutuskan untuk meninggalkan akademi. Sepuluh tahun setelah itu, Zenkichi, telah bekerja di Grup Kurokami, menjadi pekerja tingkat tinggi sebelum bersatu kembali dengannya, dengan keduanya bersumpah untuk tidak pernah berpisah lagi.