Berdasarkan permainan otome yang populer, Hakuouki mengikuti Chizuru dan Shinsengumi dalam realitas alternatif. Chizuru melakukan perjalanan ke Kyoto untuk mencari ayahnya yang hilang tetapi setelah terlibat dalam suatu insiden, akhirnya dibawa oleh Shinsengumi di mana dia bertemu para anggota termasuk Hijikata Toshizo dan Okita Soshi yang terkenal. Ayah Chizuru sedang melakukan penelitian pemerintah untuk memperkuat Shinsengumi dan mengembangkan ochimizu. Ochimizu adalah formula yang memberikan efek kekuatan dan regenerasi seperti iblis tetapi setelah diminum, pengguna mengalami rasa sakit yang ekstrem dan akhirnya berubah menjadi monster yang haus darah.
Dalam upaya untuk membela Chizuru, Hijikata mengambil ochimizu dan meskipun situasinya telah diselamatkan, dia sekarang terpengaruh dengan penyakit tersebut. Okita juga dipaksa untuk mengambil formula ketika TBC mencegahnya dari membela Chizuru dan dirinya sendiri. Merasa bertanggung jawab atas tindakan mereka, Chizuru harus melawan perasaan tidak berdaya dan menemukan keberanian untuk mendukung Shinsengumi.
