Kisah Kanon, berlatar tengah musim dingin, tentang sekelompok lima gadis yang terhubung kembali ke anak laki-laki yang sama. Yuichi Aizawa, protagonis utama, telah mengunjungi kota tempat cerita berlangsung tujuh tahun sebelum awal cerita.
Pada awalnya Yuichi sangat terpisah dari kota dan penduduknya. Sebelum kepulangannya, diputuskan bahwa ia akan tinggal bersama sepupunya, Nayuki Minase, dan ibunya, Akiko. Setelah lama absen, Yuichi telah melupakan hampir semua hal kecuali perincian kecil tentang apa yang terjadi tujuh tahun sebelumnya dan perlu diingatkan tentang apa yang ditinggalkannya.
Sehari setelah Yuichi kembali, dia keluar dengan Nayuki yang mengajaknya berkeliling kota. Nayuki ingat bahwa dia harus membeli sesuatu untuk makan malam dan Yuichi enggan pergi bersamanya, dengan alasan bahwa dia mungkin tersesat. Beberapa saat setelah Nayuki meninggalkannya menunggu di trotoar, seorang gadis aneh bernama Ayu Tsukimiya menerobos masuk dengan sedikit peringatan. Setelah pulih, dia menyeretnya ke kafe terdekat dan mengaku secara tidak sengaja mencuri tas berisi taiyaki setelah secara tidak sengaja ditakuti oleh penjual sebelum dia memiliki kesempatan untuk membayar. Yuichi kemudian menyeret Ayu kembali ke salesman, mereka berdua meminta maaf atas masalah tersebut, dan Ayu dimaafkan. Mereka memutuskan untuk bertemu lagi di lain hari dan Ayu kabur.
Pada awalnya Yuichi tidak sadar, tetapi tiga gadis lain yang telah ia lupakan sudah mengenalnya. Sepanjang cerita, ketika ia belajar tentang nada supranatural dari kota, Yuichi diingatkan tentang setiap gadis dan peristiwa tujuh tahun yang lalu di kota yang tertutup salju.
