Empire of Britannia menginvasi Jepang menggunakan senjata robot raksasa yang disebut Knightmare Frames. Jepang direduksi menjadi Area 11, sebuah koloni kekaisaran, dan rakyatnya disebut sebagai Elevens. Pada saat itu, Lelouch, seorang bocah lelaki Britania yang diasingkan ke Jepang, bersumpah kepada teman Jepangnya, Suzaku, bahwa ia akan menghancurkan Britannia.
Bertahun-tahun kemudian, Lelouch adalah seorang siswa sekolah menengah yang sering bolos sekolah untuk bermain catur dan berjudi. Ketika dia tersandung pada sekelompok teroris Elevens yang ditangkap oleh satuan tugas Inggris setelah mencuri rahasia militer, Lelouch tiba-tiba bertemu kembali dengan Suzaku, yang bekerja sebagai anggota militer Inggris. Saat anggota gugus tugas lainnya tiba, Suzaku ditembak karena tidak mematuhi perintah, sedangkan rahasia militer, seorang gadis muda, memberi Lelouch kekuatan untuk membuat siapa pun mematuhi perintah apa pun. Mengambil komando para teroris, Lelouch mengadopsi alias "Zero" dan memulai pemberontakannya untuk menghancurkan Britania untuk selamanya. Namun, sahabatnya segera menjadi salah satu musuh yang paling mengganggu ketika Suzaku menjadi pilot model uji baru Britannia Knightmare, Lancelot.
Catatan: Storyline sedikit berbeda dari anime.
