Pada tahun 1990 (sebelumnya 1986, tapi Kurumada pindah tanggal), di Elysion; Lima Orang Suci Perunggu Seiya, Hyōga, Shun, Shiryū dan Ikki, yang telah mendatangkan malapetaka di pasukan Dunia Bawah dan berhasil membangkitkan Dewa Kain, melawan dewa Hades dalam duel terakhir sampai mati. Selama pertempuran, Hades ingat bahwa dia pernah melihat wajah Seiya sebelumnya dan sampai pada kesimpulan bahwa dia menghadapinya sebelumnya. Dia kemudian mulai mengenang tentang tubuh tuan rumah sebelumnya, dan ceritanya dimulai 247 tahun sebelumnya, pada abad ke-18. Protagonis, Pegasus Saint era ini, adalah seorang yatim piatu yang berteman baik dengan seorang anak laki-laki bernama Alone, pembawa acara Hades. Mantan Orang Suci Perunggu Dohko dan Sion, dua karakter terkemuka di manga asli Kurumada sebagai satu-satunya yang selamat dari perang suci abad itu, baru saja dipromosikan menjadi Orang Suci Emas dan akhirnya keduanya bertemu.
